Základní kámen byl položen roku 1699. Stavba však byla roku 1700 přerušena tragickou smrtí tehdejších majitelů panství, mladého šlechtického páru Jana Josefa a Marie Violanty ze Šternberku. Na smiřickém panství tak osiřela jejich tehdy roční dcera Marie Terezie Violanta. Zásluhou jejího poručníka, prastrýce Václava Vojtěcha ze Šternberku bylo ve stavbě kostela téměř po roce opět pokračováno. Roku 1711 se v kostele už křtilo. Ke kostelu přiléhá čtyřboká věž vysoká 49 metrů. Byla dostavěna v roce 1705, na vrcholku je ozdobena osmicípou hvězdou. Ve věži je zavěšen zvon Egidius (sv. Jiljí) o hmotnosti 1400 kg, který byl ulit kutnohorským zvonařem Jakubem Ptáčkem v roce 1519. Vedle kostela je umístěno sousoší sv. Jana Nepomuckého z doby kolem roku 1730, které původně stálo v prostoru před zámkem. Vysochal ho pravděpodobně některý z žáků Matyáše Brauna.

Co se týká autorství stavby, je přisuzováno Kryštofu Dienzenhoferovi (1655-1722) anebo Janu Blažeji Santinimu (1677-1723). Nejde spolehlivě určit, neboť ve stavbě jsou prvky typické pro oba stavitele a stavební plány a písemnosti ke stavbě se nedochovaly, zřejmě byly zničeny při některém požáru, kterým Smiřice od té doby několikrát podlehly. V každém případě je kostel ceněn jako stavebně velmi hodnotná barokní stavba. U tohoto kostela se jedná o závažný článek při formování vrcholného (dynamického) baroka. Poměrně krátká doba jeho výstavby přinesla ojedinělý, kompaktní, slohově jednotný interiér.