Počátky obce sahají do první poloviny třináctého století století, kdy byla založena jako vesnice na území, které patřilo Zlatokorunskému klášteru. Existenci osídlení v této době dokládají archeologické nálezy střepů tuhových nádob a zásobnic. První písemná zmínka je z roku 1400. První osídlení na území obce zřejmě souvisí i s pozdně laténským hradištěm Vrata nad Jámou. Obyvatelé se v minulosti živili zemědělskou a lesní výrobou, v obci pracovali i drobní řemeslníci. V období třicetileté války bylo území obce zpustošeno vpádem vojsk pasovského biskupa Leopolda. A trvalo několik let, než se život v obci obnovil. V Mičovicích byla v roce 1886 postavena budova nové školy, která sloužila školnímu vyučování až do roku 1974, kdy byly škola zrušena a děti od té doby dojíždějí do školy v sousedních Lhenicích. Obec vždy byla na styku jazykového okruhu českého a německého, dnešní místní části Frantoly a Klenovice byly až do roku 1945 osídleny občany německé národnosti. Oba národy spolu v obci dobře vycházely až do roku 1935, kdy začala v německém pohraničí nabývat významu Henleinova Sudetoněmecká strana. Po Mnichovské dohodě říjnu 1938 byly obsazeny německou armádou místní části Frantoly a Klenovice a přičleněny k Velkoněmecké říši, staly se součástí Východobavorské marky (Bayerische Ostmark) se sídlem v Bayreuthu a město Prachatice bylo sídlem zemského rady (Landrata). V prvních dnech záboru čs. pohraničí byly zabrány i Mičovice a Jáma, po 3 týdnech byly vráceny zpět do ČR. Hranice mezi ČR a Německem vedla v naší obci těsně u Mičovic, nad Jámou a Ratiborovou Lhotou. V květnu 1945 byla obec osvobozena jednotkami americké armády, které byly poté ubytovány ve školách v Mičovicích a ve Frantolech až do října 1945. Po odsunu obyvatel německé národnosti v roce 1945 a 1946 byly Klenovice osídleny občany české národnosti z blízkého okolí a Frantoly s bývalou vesnicí Malonín, srovnanou se zemí v r. 1957, i reemigranty ze Slovenska a Rumunska. Mnozí z nich nebyli zvyklí hospodařit v drsných podmínkách Šumavy a tak jich naprostá většina postupem let odešla. V roce 1962 byly sloučeny bývalé samostatné obce Frantoly, Jáma, Klenovice, Mičovice a Ratiborova Lhota do jednoho správního celku – obce Mičovice, který vydržel dosud i přes krátké období od roku 1985 do roku 1990, kdy byla obec sloučena do tzv. střediskové obce Lhenice. Postupně se dařilo budovat v obci nové komunikace, vodní nádrže, vodovody, kanalizace, prodejnu a kulturní sál, veřejné osvětlení, hřiště a pod.