Kostel v Přídolí vznikl zřejmě v souvislosti s prvním sídlem pánů z Prčice (Vítkovců) na dnešním Českokrumlovsku. Jeho existence je poprvé písemně doložena zprávou o darování zdejší fary a příslušejících pozemků vyšebrodskému klášteru. Ten zde s přestávkami vykonával duchovní správu do roku 1950.

Způvodní románsko-gotické stavby z počátku 13. století se zachovaly zřejmě jen spodní části obvodových zdí. Kostel byl několikrát přestavěn v době gotiky (naposledy počátkem 16. století). Jeho současný vzhled je výsledkem tvrdé novogotické rekonstrukce, provedené roku 1870. Při ní byly vyměněny všechny okenní kružby a další kamenické detaily, vytvořeno nové západní průčelí a zvýšena věž (včetně nové jehlancové střechy).