Gotický kostel Srdce Ježíšova v Malšíně byl postavený někdy v 15. či 16. století na místě původního raně gotického kostelíka sv. Magdalény. Ten tvoří sakristii dnešního kostela. Roku 1593 byl renesančně přestavěn, roku 1677 barokně a v druhé polovině 19. století prošel úpravou na dnešní pseudogotický vzhled. Původně kostel Svaté Markéty je písemně připomínán v roce 1339 jako filiální k rožmberskému farnímu kostelu. V roce 1360 je kostel Svaté Markéty na Malšíně uváděn již jako farní. Nad jižním vchodem je na závěráku pětilistá růže Rožmberků a nad ní letopočet 1593. Farní matriky jsou vedeny od roku 1664 a farní pamětnice roku 1835. Farní kostel Srdce Ježíšova na Malšíně je původně gotická omítaná stavba na táhlém návrší uprostřed hřbitova. Skládá se z trojosé lodi, kněžiště a pětistranného závěru. Sakristie je na severní straně kněžiště. Třípatrová hranolová věž má střechu z druhé poloviny 19. století. Vnitřní vybavení je zčásti barokní, zčásti v novogotickém slohu. Po odsunu Němců v roce 1946 však většina obcí a osad nebyla již nikdy dosídlena, a tak postupně zanikla. Pravidelné bohoslužby však nebyly nikdy přerušeny. Farní kostel znovu ožívá po roce 1990, kdy za pomoci bývalých rodáků pod vedením pátera F. Irsiglera a vyšebrodského kláštera dochází k postupným opravám farního kostela Srdce Ježíšova na Malšíně i poutní kaple Panny Marie Pomocné na nedalekém návrší Turnbergu. Při opravě věže kostela byly v báni nalezeny písemnosti z roku 1874. Malšínské zvony byly v roce 1941 zabrány pro válečné účely, ale po šedesáti letech, 4. srpna 2001, byly vysvěceny tři nové zvony o váze 850, 720 a 280 kg, které byly odlity ve zvonařství Perner v Pasově.

Kostel s areálem se nalézá na návrší při jižním okraji obce. Areál zahrnuje kostel, okolní hřbitov a ohradní zeď s bránou. Kostel je významným urbanistickým prvkem, který zásadně dotváří charakter zástavby sídla a ve své výšinné poloze na kraji obce se výrazně uplatňuje při dálkových pohledech od jihovýchodu a vytváří tak její charakteristické panorama.