Kostel byl postaven kolem roku 1490 jako pozdně gotická novostavba. Roku 1718 vyhořel a následně byl upravován.

Kostel sv. Floriána spolu se sousedním farním kostelem sv. Petra a sv. Pavla tvoří pohledovou dominantu a je tak významným urbanistickým prvkem, který dotváří charakter sídliště při pohledech na historické jádro města od jihu a východu. Kostel sv. Floriána není postaven na starších základech, jak se již po desetiletí traduje v literatuře. Jeho poloha na hraně ostrohu a na kraji bývalého hřbitovního areálu, jehož přirozeným centrem je velký a v jádru mnohem starší farní kostel, poukazuje nato, že se jedná o pozdně gotickou novostavbu. Kostel vznikl z dosud neznámého důvodu a pro nejasný účel. Jedná se však o velmi hodnotný příklad produkce rožmberské stavební huti na konci 15. století. Stavba obsahuje řasu hodnotných stavebních konstrukcí – obvodové zdivo, menzu hlavního oltáře a především klenební konstrukce síťových kleneb v kněžišti a lodi. Neméně významnými byly také barokní úpravy, které změnily tvar oken a především přinesly přístavbu severní a jižní boční věže a nakonec i sakristie umístěné netypicky za oltářem.