Ves je údajně uváděna mezi původními sídlišti kmene Doudlebů. Ve středověku velmi trpěla za válečných událostí. Roku 1394 byla ves zcela popleněna vojáky Jana Zhořelského, bratra krále Václava IV. Vojsko čítalo 30 tisíc žoldnéřů a táhlo proti Jindřichu z Rožmberka, představiteli odbojné Panské jednoty proti králi. V dalším roce prodal Jindřich z Rožmberka část Krnína - 4 lány (nyní č.p.1 a 3), po několika převodech se stal vlastníkem tohoto majetku krumlovský prelát. Dolní část Krnína patřila Holkovcům z Holkova. Roku 1513 prodal poslední Holkovec Matěj zbytek svého panství Jiříku Kunáši z Machovic. Machovický rod držel tento majetek do roku 1757, kdy se dostal do vlastnictví zlatokorunského kláštera. Po zrušení kláštera 10.11.1785 přešla pak tato část Krnína k panství krumlovskému.