Kostel byl vybudován v letech 1483–1510, kdy nahradil původní pozdně románský či raně gotický kostel. Byl vystavěn v několika etapách: v 80. letech 15. století byl postaven nový presbytář (klenba datována r. 1487), počátkem následujícího věku pak dvojlodí. Z původní svatyně zůstala pravděpodobně zachována věž. V roce 1745 byla barokně rozšířena kruchta. Na počátku 20. století byla věž nahrazena novou. Opravován na přelomu 20. a 21. století.

Areál kostela sv. Kateřiny je součástí městské památkové zóny Hořice na Šumavě. Kostel s areálem se nalézá na terase ve spodní (východní) části náměstí uprostřed plochy bývalého hřbitova, který je obehnán z větší části ohradní zdí. Architektura chrámu je významným dokladem produkce rožmberské stavební huti. Areál zahrnuje kostel, bývalý hřbitov a ohradní zeď.

Památková ochrana se vztahuje na celý areál. Kostel je významným urbanistickým prvkem, který zásadně dotváří charakter zástavby náměstí a svou hmotou se výrazně uplatňuje při dálkových pohledech na obec prakticky ze všech stran i okolních kopců a vytváří tak její charakteristické panorama. Kostel obsahuje řadu hodnotných stavebních konstrukcí z období – rané gotiky, 13. století – obvodové zdivo lodi – z pozdní gotiky (před 1487 – 1. čtrť. 16. st) – prakticky celý chrám - z vrcholného baroka, 18. století – Růžencová kaple na severní straně lodi s hodnotnými nástěnnými malbami a konce 19. století, kdy byl kostel částečně regotizován a roku 1900 byla postavena nová věž. - Architektura chrámu je významným dokladem produkce rožmberské stavební huti kolem roku 1500. Kostel je významným příkladem podoby a proměny církevní stavby od vrcholného středověku až po novověk a zároveň je důležitým dokladem farní správy a projevu křesťanské víry v regionu.