Budkov zřejmě obdržel svůj název po osobním jménu Budivoj či Budislav.

První písemná zpráva pochází z roku 1354. Nejstarším nám známým držitelem byl Vojtěch z Budkova. V držení tohoto rodu byla ves i některé další (Lhotka, Dub) až do roku 1620. 1468 - vtrhli do zdejší krajiny spojenci Jana z Rožumberka, Němci vyslaní biskupem pasovským, a vypálili celý Budkov. Všichni sedláci se rozutekli a ve vypálené vsi zbyli tehdy pouze čtyři obyvatelé. 1618 - Mikuláš Budkovský byl pro účast na stavovském povstání odsouzen a po prohrané bitvě na Bílé hoře r. 1620 mu byl majetek zkonfiskován. 1620 - obsadil násilně oba statky neblaze proslulý don Martin de Huert. 1622 - oba statky byly odhadnuty na 6 265 zlatých a za 6 200 zl. prodány Anně Maxmiliáně Kateřině Hýzrlové z Chodova. 1675 - Václav Michal Hýzrle, bývalý rytmistr jeho císařské milosti, prodal Budkov Karlu Leopoldovi, hraběti z Milesima - majitel Vlachova Březí. U tohoto statku zůstal Budkov i za následujících knížat Diettrichsteinu a za Hebersteinu. Po pozemkové reformě 1924 byl budkovský dvůr částečně rozparcelován a zbytek se dvorem odkoupil Antonín Fridrich, bývalý herbersteinský správce.