Súčasťou prehliadky Bojnického zámku je aj návšteva prírodnej jaskyne nachádzajúcej sa v travertínovej kope, na ktorej je zámok postavený. Jaskyňa má priemer 22 metrov a výšku 6 metrov. Rozprestiera sa 26 metrov pod úrovňou štvrtého nádvoria so studňou.

Jaskyňa vznikla účinkom atmosférických zrážok vody, ktorá sem vtekala kráterom a vonkajšími puklinami do stredu travertínovej kopy. Voda travertín rozrušovala a odplavovala. Vytvorila tak terajší kruhový priestor jaskyne s výzdobou na stenách. V jaskyni sa nachádzajú dve jazierka (hlboké 8 až 12 m), ktoré sú pravdepodobne spojené s inými v ďalších podzemných priestoroch, na ktoré je táto travertínová kopa bohatá.