První zmínka o Holenicích je údajně z roku 1412. V roce 1514 byla obec Holenice a Jivany, kdy patřila k rychtě Libuňské, postoupena panu Zikmundovi Smiřickému ze Smiřic. Později patřily Holenice Janovi Semínovi ze Semína.

Roku 1623 po konfiskaci panství rodu Smiřických získává Holenice a Jivany Albrecht z Valdštejna. Od roku 1628 náleží obec Holenice k panství hruboskalskému.Po zavraždění Valdštejna 1634 panství propůjčeno k užívání Maximilánovi hraběti z Valdštejna a později ponecháno dědičně za věrné služby.

Po třicetileté válce 1654 byly v Holenicích tři sedláci, tři chalupníci a dva zahradníci. V roce 1713 bylo v Holenicích 124 obyvatel, osm koní, sedm krav a jedna jalovice. Sela se pšenice, ječmen, žito, oves, hrách, čočka, len, proso, zelí, mrkev a podobně. V minulém století musel každý z chalupníků a rolníků holenických robotovat 52 až 156 dnů ročně.V roce 1771 až 1772 byla velká neúroda a v důsledku toho zemřelo velké množství lidí hladem a morem.

Za první světové války odešlo na frontu 107 občanů obce. Z toho počtu jich 13 zemřelo na různých bojištích a 11 občanů bylo zraněno.

Nejstarší objekt obce je bývalá myslivna, která dříve patřila velkostatku Hrubá Skála. Původně zde stával panský dvůr. Později zde byla vystavěna dřevěná myslivna. Nynější zděná myslivna byla postavena roku 1870 hrabětem Aehrenthalem nákladem 6000 zlatých. K tomu revíru patřilo 569 hektarů smrkového lesa. Od roku 2000 má objekt nového majitele, který provádí rekonstrukci.