První zmínky o osadě Milonice jsou uvedeny v listinách z roku 1349. Název vznikl odvozením od jména jejího zakladatele vladyky Miloně. V roce 1360 se uvádí, že zde byl již dvůr, lázně a tvrz, která stála údajně na místě pozdější školní zahrady, obklopená vodním příkopem. Dalšími významnými držiteli osady ve středověku byli páni z Ojnic /1447, 1466/. V roce 1780 koupil Milonice kníže František z Lichtenštejna a připojil je k panství bučovskému. 

K obci patřily také osady Reska Lhota, která v polovině 16. století zanikla a Rošťoutky, kde se zachoval dvůr, mlýn a hospoda až do pozdějších let. 

Doba vzniku kostela v obci nebyla přesně zjištěna. Zmínka o faře se však objevuje již v r. 1397, v 16. století přešla pod majetek podobojí. Obnovení katolické farnosti bylo v r. 1654. Patřily k ní obce Milonice, Uhřice, Dobročkovice, Nesovice a Nové Zámky. Do r. 1786 sem patřily i Šardičky. 

Původní kostel stál v nynější farské zahradě a hřbitov kolem něj sahal až k silnici. 

V letech 1805 – 1807, za panování knížete Jana I. Josefa z Lichtenštejna byl ve vsi náhradou za starý kostel postaven nový, zasvěcený sv. Petru a Pavlovi. První farář v něm se jmenoval Antonín Kašparides. 

Dobu výstavby kostela dodnes připomíná velký lichtenštejnský erb, zavěšený nad vchodem do chrámu. Z něj také vychází společně s obecní pečetí z r. 1688 znak obce Milonice, navržený heraldikem Miroslavem Pavlů. Motiv jetelového trojlístku symbolizuje zemědělský charakter obce, orlí křídlo z rodového erbu Lichtenštejnů v původních barvách, atributy patronů milonického kostela sv. Petra a Pavla na modrém podkladě, znázorňujícím protékající milonický potok. 

Znak obce i obecní prapor byly slavnostně uděleny představitelům obce předsedou Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR Václavem Klausem dne 19.11.2001 a vysvěceny u příležitosti Petropavlovských hodů v červnu 2002. 

První školu v obci založili Čeští bratři v l6. století. Po jejich vypuzení škola zanikla a nově se připomíná až v 18. století. Navštěvovalo ji až 300 žáků z širokého okolí. 

Od roku 1996 je škola pro nedostatek dětí zrušena. 

Elektrifikace obce je datována do r. 1922. V obci byla četnická stanice, spořitelní a záloženský spolek „Raifaisenka“. Ještě ve 30. letech stálo v obci několik domků s doškovými střechami, lidé jim říkali Betlém. 

Rozsáhlou činnost zaznamenávala tělovýchovná jednota SOKOL, spolek dobrovolných hasičů vznikl v r. 1896. 

Poštovní úřad byl zřízen r. 1893 a úřadovalo se v něm do r. 1926. Roku 1948 byla pošta v obci zrušena. Nově byla zřízena až r. 1994 v nově vybudované víceúčelové budově. 

V roce 1921 měla obec 106 domovních čísel s 531 obyvateli. Počet obyvatel však léty klesal. Dnes má naše obec 167 čísel a přibližně 330 obyvatel.