O kostele v Liptále se poprvé hovoří v roce 1625, kdy náležel protestantům. Římskokatolické bohoslužby v něm byly konány až v roce 1644 po porážce valašských povstání.  Samostatná farnost vznikla v Liptále v roce 1795, kdy byl ustanoven prvním farářem Ignác Eugen Dvořák.  Starý kostel, pamatující ještě činnost evangelických kazatelů za třicetileté války, byl zbořen a v roce 1798 vysvěcen nový kostel sv. Michaela, archanděla. 

Za německé okupace musely být dva ze čtyř historických zvonů odevzdány k přetavení pro válečné účely, krátce po osvobození se je však podařilo objevit a vrátit zpět.  Původní fara musela v roce 1975 ustoupit stavbě nové základní školy, a proto byla v blízkosti kostela postavena nová farní budova.

Začátkem 90. let proběhly rozsáhlé opravy kostela, které si vyžádaly velké finanční náklady. Podílela se na nich i rodina Stommů, posledních majitelů liptálského panství a patronů kostela.