Hojkov by založen někdy koncem 13. století při kolonizaci zdejšího kraje biskupstvím pražským se střediskem v Červené Řečici. Pojmenování obce pochází z mužského jména Hojek.

Z nejstarší písemné zprávy z roku 1379 znamená jména 17 držitelů gruntů a 2 hajných, v katastru obce se totiž nacházely i rozsáhlé arcibiskupské lesy. Původní ves měla tvar okrouhlice, která je na vnějším obvodu patrna dosud (čp. 1-21). Za tento obvod se obec v dalším vývoji v podstatě nerozšířila, pouze budova školy čp. 64 z roku 1904 a dům č. 11 postavený v polovině tohoto století překročily rámec okrouhlice. Nově stavěné domy vyplňovaly postupně střed obce a volný prostor mezi původními staveními. Mimo obvod obce se nacházely 2 mlýny (č. 33 a č. 35), doložené už v polovině 16. století. Mlýn při stavené č. 33 zanikl už v minulém století. Nad ním však postupně začala vznikat další část obce "Hatlíkov". Chalupa č. 37 se stala základem třetí části obce "Nový Hojkov". Roku 1829 měl Hojkov 42 domů. Postupně k němu přibyly samoty Padrť č. 41, Urbanka č. 46 a 3 samoty na Větrově - čp. 36,74,75.

Po panství Červené Řečice, patřícího arcibiskupství pražskému, náležel Hojkov až do husitských válek. Pak bylo panství po 200 let v držení různých šlechtických majitelů, z nichž nejvýrazněji se do historie zdejšího kraje zapsali Leskovcové. Drželi Rychnovsko 100 let (1496 - 1597) a nechali v Rychnově postavit pěkný renesanční zámek. Po Bílé hoře bylo panství ř. 1623 vráceno pražskému arciviskupství a v jeho rámci se Hojkov vyvíjel až do zrušení poddanství a roboty v roce 1848. Poté připadl okresu Pelhřimov.