O historii Černuce se prameny různí. Ovšem archeologické nálezy prokazatelně dokládají pravěké a starověké osídlení katastru. Jedná se na příklad o nález zlatých keltských mincí tzv. duhovek a žárového pohřebiště z doby římského císařství s nálezem třírohého bronzového býčka v lokalitě zvané „Na skalkách“. Nález vzbudil značnou pozornost francouzských archeologů, neboť tato forma býčka se vyskytovala téměř výhradně v dávné Galii v době římského císařství na místech starých chrámů. Měl význam náboženský a svědčí také o velké kovolitecké dovednosti. Černucký býček je nálezem nejvýchodnějším a do jisté míry překvapujícím.

Na jednom z polí byly odkryty popelové jámy a osamělý hrob, zavalený kamenem, s kostrou skrčence a nádobkami. Na jiném místě byla nalezena lahvovitá nádoba provinčního římského typu.

Slovanské osídlení naší krajiny se uskutečnilo pravděpodobně v 11. – 13. století. Sídla byla zakládána především při vodních tocích nebo při vydatných pramenech, neboť získávání vody ze studní bylo tehdy ještě technicky velmi náročné. Začátek 14. století byl v našem kraji dobou značné kolonizační aktivity. Během přibližně padesáti let došlo prakticky k úplnému dosídlení celé oblasti podél Bakovského, Zlonického a Vranského potoka. Největší počet nových osad je evidován jako vlastnictví drobných feudálů, kteří se pro tuto krajinu stali přímo typickou sociální vrstvou.

O Černuci se předpokládá, že zde bylo od pradávna sídliště při prastaré obchodní cestě. Původ názvu Černuc můžeme hledat v přídavném jménu přivlastňovacím, utvořeným z vlastního jména někdejšího majitele vsi – Černutova ves, staročesky Črnucě ves, jak bývalo v té době zvykem.