Vlksice patřily v 13. století k sepekovskému panství a to až do roku 1291, kdy byly Vlksice v držení rodu Vítkovců. V tomtože roce pak připadly pražskému biskupu Tobiáši z Bechyně.V následujících stoletích byl držitelem vesnice rod vladyků z Vlksic. Rytíři z Vlksic měli ve znaku dva bůvolí rohy. Kolem erbu měli nápis: S. Joannis de Wlksitz. Jan z Vlksic byl později purkrabím na hradě Helfenburku do roku 1475.V roce 1486 náležely Vlksice Dorotě z Křenového a po jejím úmrtí v tomto roce připadl tento majetek králi.

Až do roku 1675 – 1676 se zde vystřdala řada majitelů. Někdy s dobrým a nebo horším hospodařením. Tím posledním byl Jan Oldřich z Klebelsbergu, který skoupil všechny podíly a nakonec to prodal v roce 1686 Hyacintu Hohmannovi, opatovi premonstrátského kláštera na Strahově v Praze. Zbytek někdejšího příslušenství statku odkoupil opat Hyacint Hohmann v roce 1689 od rytíře Jana Rudolfa Brandlínského ze Štěkře a připojil k majetku milevského kláštera.

Od roku 1893 do roku 1907 měl vlksický dvůr v nájmu hospodář František Mašek. Po absolvování hospodářské školy v Táboře převzal po svém otci zdejší velkostatek. Byl výborným hospodářem, který vnesl do zastaralé zemědělské práce spoustu novinek a zdokonalení. Byl zvolený starostou Tábora a později roku 1920 poslancem a senátorem.

Obec Vlksice se nachází v Jižních Čechách, okres Písek, v údolí mezi říčkou Smutná a Dobřemilickým potokem. Jsou vzdáleny 10 km severovýchodně od Milevska.

Obec má čtyři osady Vlksice, Dobřemilice, Klokočov a Střítež.

Obec má 139 obyvatel.