Jak dostaly Bernartice své jméno, nelze jednoznačně určit.
Názor, že zakladatelem městečka byl Vítkovec Bernart z Bernartic, první historicky známý majitel bernartického zboží, patrně neodpovídá skutečnosti. Tento Bernart se poprvé připomíná až v roce 1293. O Bernarticích je však první historická zmínka už z roku 1251, přičemž osada tu s veškerou pravděpodobností stála už mnohem dříve. Její jméno pochází asi od jiného Bernarta. Že osada skutečně existovala už dříve, lze odvodit i z jiného dokumentu, i když nikoliv s jistotou. V roce 1218 potvrdil král Přemysl Otakar I. hranice Bojenic, když předtím královský podkomoří obejel hranice vesnice a dal je vyznačit hraničními znameními. Byly to parně i hranice mezi Bojenicemi a Bernarticemi.

Protože většina místních jmen s koncovkou –ice je odvozena z osobních jmen, byly Bernartice jistě původně vsí lidí Bernartových. Kterého Bernarta?
Místní jméno Bernartice se v českých zemích vyskytuje sedmkrát. První historicky známá zmínka je o Bernarticích, které leží asi deset kilometrů jihovýchodně od románského hradu Přimda na Tachovsku a pochází z roku 1158. Je tedy téměř o sto let starší než první známá zmínka o Bernarticích v jižních Čechách. Zakladatel Milevského kláštera Jiří – o jehož existenci a životě je víc dohadů než písemných zápisů – měl původně svůj majetek také poblíž Přimdy. Nedaleko tohoto hradu leží i obec Borovany, o níž se psalo už v roce 1115. Osady Bernartice a Borovany z okolí Přimdy mohly být v kolonizačním vztahu s osadami stejného jména v jižních Čechách. Protože západočeské teritorium Jiřího z Milevska bylo zřejmě kolonizováno dříve než zalesněné okolí Milevska, mohlo by se usuzovat, že kolonizátoři, kteří přišli s Jiřím nebo za Jiřím z Milevska, přinesli do jižních Čech i jména nově vzniklým osadám. Bernartice poblíž Milevska mohly tedy být pojmenovány po zakladateli nebo majiteli Bernartic u Přimdy, jímž byl pravděpodobně kastelán (tehdy velitel hradu) na Přimdě.
Kolonizátoři od Přimdy mohli založit novou osadu, mohli však také přejmenovat osadu, která tu již stála a jmenovala se Pozřetín. V roce 1215 potvrdil Přemysl Otakar I. Milevskému klášteru držení vesnic Pozřetín, Kdešice (Zběšičky) a Bilina. O vsi Pozřetín se již další písemné zmínky nevyskytují. Mohla právě tak velmi brzy zaniknout nebo být přejmenována. První možnost se jeví jako méně pravděpodobná, protože – podle pořadí vesnic vyjmenovaných v královském výnosu – byl Pozřetín patrně největší ze tří uvedených vesnic. Skutečný původ místního jména jihočeských Bernartic nebude už asi nikdy vyjasněn. Právě tak jako přesnější doba jejich vzniku.