Vznik obce Křižovatky je možné datovat již do roku 1199. První písemné zmínky o obci jsou z roku 1322. Okolo roku 1213 byl v obci postaven kostel, který patří mezi jedny z nejstarších na Chebsku. Byl několikrát zničen a přestavěn. V roce 1446 byl obnoven po zničení husitskými vojsky.

Jméno obce vzniklo ze dvou slov kling (zvuč) a hart (drsně), kdysi zde vedla cesta ze zaniklého loupežnického hradu Neuhaus u Skalné (zanikl ve 13. století) do Prahy a protože zde byla krajina drsná a tvrdá, začalo se říkat "klinghart". Křižovatka byla říšským lénem se dvěma nepoplatnými dvory, propůjčovanými obyčejně vdovám po majitelích Skalné. Obyvatelé se vedle zemědělství počátkem 20.století živili i ručním tkaním, pletením, drobnými řemesly a provozy. V obci se počaly vyrábět hudební nástroje.

Největšího rozmachu dosáhla obec ve 30-tých letech 20. století. Obec tehdy měla 86 domů a okolo 620 obyvatel. Po roce 1945 však již bylo pouze 238 obyvatel a u této hranice se počet obyvatel drží do současnosti. K obci byly dříve přidruženy obce Velký Luh, Šneky, Nová Ves. Dnes již k obci patří pouze Nová Ves.