Počátky vyškovského muzejnictví lze klást do 90. let 19. století, kdy došlo pod vlivem příprav na pražskou národopisnou výstavu nejdříve k ustavení národopisného odboru a roku 1893 k založení Národopisného spolku. Shromážděné sbírky připomněl v roce 1911 prof. Josef Tvrdý úspěšnou výstavou vyškovské lidové keramiky. V roce 1923 bylo díky prof. Vojtěchu Procházkovi otevřeno městské muzeum v budově měšťanských škol, roku 1931 přemístěné do bývalého templu na náměstí. Od roku 1954 sídlí muzeum zásluhou MUDr. Jana Zháněla v tehdy renovovaném starém křídle vyškovského zámku, původně gotickém hradu olomouckých biskupů.

V současné době tvoří sbírkový fond Muzea Vyškovska téměř 55 000 inventárních čísel. Pro pořádání krátkodobých výstav má muzeum k dispozici tři výstavní sály v hlavní budově. K uložení na prostor náročnějších sbírek slouží depositář v Dědicích. Jako depozitář je využit rovněž bývalý špitálek na Dukelské ulici, v sousedící kapli sv. Anny, provizorním lapidáriu, se příležitostně konají koncerty vážné hudby. Detašovaným pracovištěm Muzea Vyškovska je Muzeum v Bučovicích.