Po ukončení provozu probíhala v areálu nyní už bývalé šamotky pilařská výroba a později zde byla zahájena také výroba lisovaných dřevěných briket. Areál začal pomalu chátrat a pravděpodobně by jej postihl osud mnoha jiných, které po skončení provozu dospěly k zániku.

Naštěstí se již brzy poté začali do areálu sjíždět první nadšenci a zájemci o historii, především pak parních lokomotiv. V roce 1995 pak tehdejší vedení MŠLZ podepsalo nájemní smlouvu s Muzeem průmyslových železnic na dobu deseti let. Toto občanské sdružení provedlo ještě v roce 1995 nejnutnější údržbu tratě a vodních propustků, vysekalo náletové dřeviny podél tratě a zprovoznilo výhybnu Nová Ves.

V roce 1997 došlo kvůli povodním k vyvrácení desítek stromů, k sesuvům půdy a poškození tratě. Ta byla opět zprovozněna až na podzim téhož roku. 1. května 1998 byly zahájeny historicky první muzejní jízdy výletních vlaků, které se konají spolu s dalšími akcemi dodnes.

V roce 2005 se vedení MPŽ nedohodlo na prodloužení nájemní smlouvy s novým majitelem a sdružení se přestěhovalo na nové působiště do Zbýšova u Brna. V Mladějově nyní působí dvě neziskové organizace, Průmyslové muzeum Mladějov a Mladějovská průmyslová dráha. V nynějším areálu mohou návštěvníci kromě jízdy výletním vlakem taženým historickou parní lokomotivou shlédnout i expozice železniční, silniční, zemědělské a stavební techniky, mnohé exponáty v provozu.

Celý areál prochází postupnou přeměnou z výrobního závodu na muzeum, což je proces i z důvodů finančních velice zdlouhavý. Rovněž probíhají renovace parních a dieselových lokomotiv a ostatní historické techniky. Byly postaveny nové výletní vozy a vybudováno občerstvení, sociální zázemí pro návštěvníky, nádraží úzkorozchodné dráhy uvnitř areálu a zastřešená čekárna. Pracuje se na zprovoznění trati v úseku Nová Ves – Hřebeč. V pravidelném provozu pro veřejnost je prozatím pouze úsek Mladějov – Nová Ves o délce 6 km.