Muzeum nabízí několik expozic:

HODINY
Expozice historických hodin a hodinek ze sbírek Muzea Prostějovska prezentuje chronologickou kontinuitu vývoje uměleckého řemesla a mechanismů hodinářské techniky od 15. do počátku 20. století. Představuje proměnu typových, tvarových a zdobných charakteristik příznačných dobových názorů. Zastoupeny jsou autorské i anonymní práce tradičních evropských hodinářských proveniencí − Německa, Francie, Anglie, Švýcarska, Rakouska, ale i Česka, Polska či dokonce Číny.

JIŘÍ WOLKER
V roce stého výročí narození Jiřího Wolkera (29.3.1900 – 3. 1. 1924) zpřístupnilo Muzeum Prostějovska 5. října 2000 ve výstavním sále v budově na náměstí T. G. Masaryka č. 1 novou stálou expozici prostějovského básníka. V pozůstalosti předčasně zesnulého literáta, kterou roku 1939 věnovali muzeu jeho rodiče, se nacházejí kromě písemných dokladů, fotografií a publikací i předměty, které ho provázely životem

GEOLOGIE
Stálá expozice „Geologie Prostějovska“ byla v muzeu otevřena v červnu roku 1995, doplněna a inovována byla při reinstalaci v roce 2004. Expozice představuje nejlepší vzorky z muzejní geologické sbírky, ale také materiál z nových geologických výzkumů Prostějovska. Návštěvníka jistě překvapí fakt, že v expozici nenajde žádné fotografie z terénu.

NÁRODOPIS
Předvádí ukázky sběrů, které muzeum získalo od sběratele Jana Zbořila – ženský a mužský hanácký kroj, rozličné typy hanáckých výšivek, vybavení hanácké světnice s nábytkem a keramikou. Seznamuje rovněž s životopisem a činností Jana Zbořila a také s jeho tvorbou písemnou a kreslířskou.

PRAVĚK - v současné době uzavřena, probíhá reinstalace
Expozice podává stručný přehled o nálezech z jednotlivých období pravěku a protohistorie z území Prostějovska. Jsou zde vystaveny především celky ze starých sbírek získané náhodnými objevy nebo systematickými archeologickými výzkumy.