Vznik Polabského muzea, podobně jako řady dalších muzeí, souvisel s přípravami na velkou celonárodní Národopisnou výstavu českoslovanskou v  roce 1895. Po skončení Národopisné výstavy se do Poděbrad vrátila jen nepatrná část zde sebraného materiálu, která se stala spolu s významným  darem soukromých sbírek poděbradského lékárníka Jana Hellicha základem sbírek budoucího poděbradského muzea.

Největší zásluhu na založení poděbradského muzea v roce 1902 má poděbradský lékárník a význačný všestranný regionální  badatel Jan Hellich, který stál v čele muzejního spolku od jeho založení až do své smrti v roce 1931.

V roce 1903 byly sbírky muzejního spolku nainstalovány v podkrovních prostorách hotelu Záložna. Po přemístění žáků do nově postavené školy byla  v r. 1906 uvolněna pro muzeum celá budova staré školy u kostela, ve které se poděbradské muzeum nachází dosud.

Význam osobnosti Jana Hellicha pro poděbradské muzejnictví i regionální bádání byl vyjádřen v roce 1926, kdy městská rada v Poděbradech navrhla pojmenovat muzeum po svém zakladateli. Od 1. května 1956 se Hellichovo muzeum stalo součástí nově zřízeného Krajského vlastivědného muzea Pražského kraje se sídlem v Poděbradech. Po přenesení  krajského střediska do Prahy k 1. lednu 1959 se opět poděbradské muzeum osamostatnilo a stalo se městským zařízením s názvem Městské muzeum Lázní Poděbrady.

Další změna nastala po 1. lednu 1964, kdy se poděbradské muzeum stalo Oblastním muzeem v Poděbradech se statutem střediska muzejní a vlastivědné práce pro okresy Nymburk, Kolín, Mladá Boleslav a Mělník. Oblastní muzeum v Poděbradech přešlo od 1. ledna 1974 pod správu a řízení ONV v Nymburce jako Polabské muzeum v Poděbradech s okresní působností. Okresním úřeadem v Nymburce bylo Polabské muzeum zřizováno až do 31.12. 2002. Poté, se zánikem okresních úřadů, přešla k 1.1. 2003 zřizovací pravomoc Středočeskému kraji.