První muzejní expozice archeologických nálezů na Slovanském hradišti v Mikulčicích byla pro veřejnost otevřena v roce 1960.

Dnes se návštěvníci v muzeu osobně seznámi se dvěma stálými expozicemi a v exteriérech pak s kopiemi základů osmi mikulčických kostelů a knížecího paláce.

Starší stálá expozice „Velkomoravské Mikulčice - Knížecí hrad v údolní nivě řeky Moravy“ byla v Návštěvnickém centru (Pavilon I) otevřena v roce 1997. Tato expozice prezentuje Mikulčice jako významné slovanské a velkomoravské sídlo s bohatou historií doloženou archelogickými nálezy vysoké výpovědní hodnoty. Úvodem prohlídky muzea je výklad průvodce u plastické mapy s terénní situací jaká na mikulčických Valech byla v 9. století.

V muzejním Pavilonu II je od roku 2008 nová stálá expozice „Velkomoravské Mikulčice - Druhý kostel a sakrální architektura knížecího hradu“ sestávající nejen z prohlídky autentického negativu základů II. mikulčického kostela, hrobových jam s pohřby a trojrozměrných maket všech mikulčických kostelů i paláce, ale také z emotivního prožitku z moderní muzejní archeologické prezentace spojující prvky mluveného slova, hudby a filmové projekce s přímou prohlídkou muzejních exponátů.

Po prohlídce Pavilonu II je možno absolvovat pěší okruh hradištěm po návštěvnické trase a na ní shlédnout v terénu kopie základů kamenných staveb, opatřených panely s popisem zajímavostí daného okrsku.