V současné době (2004) obsahuje inventář muzea více než 22 000 položek. Muzeum je umístěno ve dvou místnostech v prvním patře budovy geologických a geografických oborů Albertov 6, Praha 2. Až na dílčí úpravy je expozice stále udržována v původním, esteticky mimořádně vydařeném uspořádání, takže má, vedle neobyčejné výukové a vědecké hodnoty, i značnou hodnotu historickou.

Více než 2 000 ukázek minerálů je vystaveno ve dvou sálech ve vitrínách nad zásuvkovými skříněmi; rozměrnější vzorky jsou vystaveny ve větších prosklených skříních při stěnách obou sálů. Kromě systematické sbírky je součástí muzea i kolekce syntetických krystalů a menší sbírka tektitů (převážně vltavínů), čítající 272 položek. Součástí sbírek je i tzv. studentská sbírka, sloužící k demonstraci minerálů při výuce mineralogie. Muzeum je po dohodě přístupné pro veřejnost.