Astronomický ústav Akademie věd České republiky je jednou z nejstarších vědeckých institucí v českých zemích. Je totiž přímým pokračovatelem klementinské hvězdárny, založené při jezuitské koleji "Klementinum" na Starém městě pražském ve specielně postavené astronomické věži, jejíž stavba byla dokončena v r. 1722. Klementinská hvězdárna měla nejen rozhodující význam pro další rozvoj astronomie u nás, ale byla i kolébkou všech našich novodobých exaktních věd. Například nepřetržitá řada klementinských meteorologických pozorování, pokrývající dnes více než celá dvě století, patří k základním světovým řadám a je v tomto rozsahu ojedinělým celkem, reprezentativním pro celou střední Evropu.

Po zrušení jezuitského řádu přešla klementinská hvězdárna pod státní správu a po vzniku Československé republiky z ní byla vytvořena Státní hvězdárna, která sídlila v Klementinu až do r. 1940, kdy byla z Klementina vystěhována do činžovního domu v Praze-Vinohradech, Budečská ul. 6.

Velký význam pro další rozvoj astronomie v českých zemích měl pak vznik hvězdárny u městečka Ondřejov, vzdáleném 35 km na jihovýchod od Prahy a v nadmořské výšce 528m. Roku 1898 zde zakoupil J. J. Frič, továrník v Praze, pozemek pro vědecké účely a na něm vybudoval soukromou hvězdárnu, kterou v roce 1928 věnoval československému státu pro potřeby University Karlovy. Od počátku však byla využívána a spravována Státní hvězdárnou a tak při vzniku Československé akademie věd došlo k úplnému splynutí těchto dvou ústavů a k 1. 1. 1954 vznikl Astronomický ústav Československé akademie věd se sídlem v Praze v Budečské ulici. Koncem roku 1992 se Astronomický ústav stal pracovištěm Akademie věd České republiky a v roce 1993 bylo sídlo přeneseno do Ondřejova a pražské pracoviště bylo přemístěno z Vinohrad na Spořilov, do budovy Geofyzikálního ústavu Akademie věd České republiky.

Historické kopule hvězdárny slouží v současné době jako muzea. Ve verandě muzea V. Šafaříka je umístěn tubus Fričova dalekohledu, jehož optika, více než 150 let stará, slouží dále ve slunečním oddělení k pozorování slunečních skvrn. Jsou zde též přístroje vyrobené převážně Josefem Janem Fričem a dobové fotografie ze stavby hvězdárny.  Hvězdárna je koncipována jako arboretum se vzácnými keři a dřevinami.