Botanická zahrada Masarykovy univerzity byla založena v areálu budou mezi ulicí Kotlářskou a Veveří a její umístění bylo od samého počátku v roce 1922 považováno za provizorní, je totiž pomerně malá, přesto na něm najdeme zahradu dodnes. V jistém smyslu je to dobře, protože si tak do ní najde cestu určitě více lidí, než kdyby byla zahrada větší, ale daleko od centra.

Nedlouho po vzniku začala zahrada komunikonat s podobnými partnery v zahraničí. Zahrada byla budována s důrazem na ekologická společensva, část ploch byla věnována Mendelovým (více na ) pokusům zákonů dědičnosti, Linnéově soustavě, léčivým a dalším užitkovým rostlinám. Brzy byla postavena nádrž u hlavního vchodu pro vodní a bažinaté druhy. S umístěním zahrady zakladatel prof. Josef Podpěra nebyl spokojen a usiloval od počátku o získání jiných vhodnějších ploch pro kolekce rostlin. V roce 1923 proběhlo jednání, zda by nebylo možné získat zámek a park v Židlochovicích (více na ) ke zřízení botanické zahrady. Byly projednány řady dalších možností lokalit v okolí města Brna (více na ).

Během II. světové války byl omezený provoz botanické zahrady povolen s tím, že na volných plochách se bude pěstovat užitková zelenina. Po válce se zahrada nacházela značně poškozena. Obnovená botanická zahrada dostávala nové úkoly a vykonávala činnost expertizní. Park vzniklý z aktivit roku 1949 na Mniší hoře zůstal jako součást Zoologické zahrady ( více na ).

V 60. letech měly být získány pozemky v Bohunicích , což se nerealizovalo a v roce 1984 dokonce hrozilo zahradě zrušení z důvodu plánované výstavby zastávky podzemní dráhy. K tomu ale nedošlo. Až do 90. let byla zahrada trpěným univerzitním přívažkem. Po sametové revoluci byly v letech 1995 - 1997 postaveny nové skleníky a zrekonstruován systém rostlin.

V současné době má zahrada 1 100 m2 skleníků: tropických rostlin, kapradin a cykasů, subtropických rostlin - palmový skleník, kaktusů a jiných sukulentů, bromélií, zásobní a pěstební skleník.

Venkovní plocha měří asi 1,5 ha ekologických společenství: karpatské dubohabřiny, rostlin Kavkazu a Himalájí, rostlin balkánského poloostrova, rostlin evropských vysokohoří, rostlin bukových a jedlobukových lesů, teplomilné nelesní vegetace Pavlovských vrchů, teplomilné nelesní vegetace hlubokých půd, rostlin aluviálních luk a lužních lesů, plevelných rostlin našich polí, teplomilné nelesní vegetace na hadcích, rostlin dubových a dubohabrových hájů, rostlin oblasti Středozemního moře, vegetace vátých písků, rostlin Japonska a Číny, rostlin horských smrčin a subalpinských niv, rostlin evropských rašelinišť a vegetace sešlapávaných míst. Společně se skleníky byla na střeše budovy pracoven vytvořena střešní zahrada přístupná po točitém schodišti.

Umělecká díla jsou v botanické zahradě umístěna buď trvale nebo dočasně po dobu výstav. Zahradní slavnosti vždy v září oficiálně otevírají nový univerzitní rok a od roku 1997 se staly tradicí. Nejstarším uměleckým dílem je Žába u největšího bazénu, která byly zhotovena v roce 1948 akademickým sochařem Františkem Knaiflem.

Botanická zahrada nabízí v současné době bohatý celoroční program.