Hrad, nazývaný původně Hradiště, založil na vysokém skalnatém ostrohu nad Lužnicí již král Přemysl Otakar II. ve 2. pol. 13. stol. R. 1277 se jej zmocnili Vítkovci, hrad byl ve 14. stol. v držení jedné z větví tohoto rodu, Sezimů z Ústí; poprvé se připomíná r. 1370. Po dobytí města Sezimovo Ústí r. 1420 zde husité založili město a nazvali je Hradiště hory Tábor, podle biblické hory; půdorys města byl přizpůsoben vojenským účelům. Označení Kotnov se používá až od 16. stol. a vztahuje se k mírně zploštělé válcové věži, která objektu dominuje; ta však stála již dříve a v husitské době byla pravděpodobně zvýšena.

Do poloviny 15. stol. byl hrad výrazně přestavěn a opevněn, o století později (r. 1532) poškozen při rozsáhlém požáru. R. 1613 došlo k přestavbě jeho části na pivovar, jehož provoz se dále rozrůstal a převážná část původního hradu musela ustoupit nové zástavbě. Zboření části budov pivovaru i dalších původních objektů v areálu během 19. stol. jeho pevnostní charakter téměř setřely. Místní zajímavostí je první elektrická dráha v Rakousku-Uhersku vedoucí z Tábora do Bechyně, která byla postavena za dohledu Fr. Křižíka v letech 1902-1903.