Až do poloviny 19. Století město praktikovalo různá protižidovská opatření a proto zde byla židovská komunita velmi malá. Židovští obyvatelé se začali v Klatovech usazovat od druhé poloviny 19. století v souvislosti s josefínskými reformami a rozvojem průmyslu. V roce 1892 zde žilo 532 židů. V roce 1871 byl za městským hřbitovem založen židovský hřbitov. Synagoga byla postavena v roce 1876 a sestávala se z modlitebny a školních místností. V sousedství se nacházelo sídlo rabína. Za nacistické okupace se synagóga stala terčem nenávistných útoků "vlastenců" z Vlajky, k vyvolávaní antisemitských nálad se připojily i Klatovské listy. Ve dnech 17. listopadu 1942 a 17.listopadu 1944 probíhal odsun občanů židovského původu do koncentračních táborů. Po válce byla synagóga přestavěna a nesloužila již ke svému původnímu účelu. V současné době je přístupná přes dvůr prodejny nábytku u podchodu pod Plzeňskou ulicí.