Nový Malín leží necelý jeden kilometr od okresního města Šumperka. Katastr obce o výměře 1.980 ha se nachází většinou v Šumperské kotlině a zalesněným výběžkem zasahuje až do kopců Hraběšické hornatiny ke Kamennému vrchu (952 m). Pod ním pramení potok, který teše do řeky Desná a podle něj se táhne obec, jejíž nadmořská výška je 340 metrů. Na západní okraj Nového Malína souvisle navazuje osada Plechy, která je součástí obce. Na katastru obce leží i letiště Aeroklubu Šumperk a vodní přehrada Krásné.