Klášterní kostel sv. Františka byl vystavěn v roce 1629. Nynější podoba budovy pochází z let 1766-71, kdy byl malý, nevyhovující a dost sešlý klášter rozbourán, a poté přestavěn a rozšířen. Klášter tvoří dlouhé jednopatrové budovy. Chloubou kláštera byla knihovna s mnoha sty krásných a velice cenných, v kůži vázaných knih a tištěných i psaných kancionálů.

Klášter existoval do noci ze 13. na 14. dubna 1950, kdy byl, spolu se všemi dalšími mužskými kláštery násilně obsazen státní mocí. Poté v něm byly umístněny úřadovny votického okresu. Později sloužil jako výrobní a administrativní prostory firmy Tesla. Po roce 1989 byl vrácen františkánům. Ti v klášteře nesídlí, ale spravují jej z Prahy.