Kostel byl založen v druhé polovine 13. století biskupem Tobiášem z Bechyně. Puvodním patronem byl sv. Christofor , v roce 1569 byl kostel rozšíren a zasvecen sv. Jakubu Vetšímu. K dalším úpravám došlo r. 1702. Smerem k námestí byla pristavena kaple sv. Barbory a v jejím podzemí krypta pro významné hodnostáre mesta. Do interiéru byly instalovány r. 1717 barokní varhany, prestavené r. 1777. Jedná se o jeden z nejzachovalejších barokních nástroju v Cechách (mimo Prahu). Velké úpravy prodelal chrám v srpnu r. 1753 na popud císarovny Marie Terezie, která jej navštívila. Chrám byl barokizován, byla rozšírena lod a pristavena vež se zvonicí.
V roce 1759 získal chrám další bocní kapli sv. Josefa. Radikální úpravy kostela skoncily r. 1763. Na hlavní prucelí byly umísteny sochy sv. Josefa, Jakuba a Barbory.

V interiéru chrámu je dochován puvodní barokní mobiliár, hlavní oltární obraz je dílem jezuitského malíre Ignáce Raaba, jeho rádový brat Süsmayer je autorem krtitelnice se zajímavými plastikami Marnotratného
syna a Marí Magdalény, kazatelny a další výzdoby interiéru. Pred vstupem do sakristie je odhalena puvodní freska z období kolem poloviny 16. století, predstavující Umucení Páne spolu se znaky rodu Cabelických a pánu z Úšavy. Pod freskou byl puvodne umísten vchod do rodinné hrobky Cabelických s tesaným kamenným náhrobkem, dnes premísteným pod chrámovou kruchtu. Josefínskými reformami v 80. letech 18. století bylo ukončeno pohřbívání v okolí kostela, hřbitov byl zcela zrušen na počátku 19. stol. 

Jediným pozustatkem hrbitova je část terasové zdi pod kostelem. Sochy u schodište predstavují sv. Františka Xaverského a sv. Norberta. Socha Panny Marie pred kaplí sv. Barbory strážila puvodne hrbitovní vchod. V prubehu pozdejších let byl kostel nekolikrát renovován, k radikálnejším zmenám jeho podoby již nedošlo.