Stísněný prostor u farního kostela Narození P. Marie nepostačoval potřebám pohřebiště rozvíjejícího se města. Pravděpodobně v 16. století byl proto snad u staršího kostelíka na východním obvodu hradeb založen nový městský hřbitov. Kostel stál v jeho středu do roku 1843, kdy došlo pro jeho nevyhovující stav, k jeho demolici. Bylo tak umožněno další rozšíření plochy hřbitova. Jako náhrada zaniklého hřbitovního a špitálního objektu byl roku 1844 postaven přímo u komunikace k obci Újezd klasicistní kostel podle projektu českobudějovického stavitele Josefa Sandnera (1803–61). Ten má na rozdíl od původního presbytář orientovaný k jihozápadu, hlavní průčelí se obrací k severovýchodu do dnešní Kodádkovy ulice. Kostel má vnitřní zařízení převážně z 19. století, část byla přenesena z původní svatyně. Hřbitov byl v průběhu 20. století změněn na park s tím, že byly zachovány náhrobky významných vodňanských osobností. Kostel slouží pro obyvatele přilehlého domova pro seniory, který navazuje na tradiční polohu špitálu v oblasti.

Je cenným příkladem klasicistního stavitelství v jižních Čechách. Areál kostela tvoří významný historický a urbanistický prvek ve městě. Kostel má cenné exteriéry i interiéry s hodnotnými historickými konstrukcemi, architektonickými detaily a stavebními prvky. Zejména se jedná o klenební konstrukce - pruské a plackové klenby, kulový vrchlík v lodi, kamenné podlahy, portály a dveře včetně kování. Významnou uměleckohistorickou hodnotou v kostele jsou rozsáhlé nástěnné malby z roku 1891, dochované v interiéru, s motivy křesťanských symbolů a dále vegetabilních a geometrických ornamnetů. Památková hodnota je umocněna i vazbou na významné osobnosti, jejichž hroby se dochovaly na hřbitově - básník O. Mokrý, spisovatel K. Šarlich.