Sálový orientovaný kostel bez rozlišení presbytáře s hranolovou věží v západním průčelí byl postaven v letech 1580-1583 ve stylu pozdní gotiky s četnými renesančními prvky. V roce 1777 byl kostel barokně upraven, zejména východní průčelí. Cenné interiéry

Kostel sv. Markéty se nikdy nestal kostelem farním, ačkoli o to měšťané vždy v minulosti usilovali. Datum vzniku kostela sv. Markéty není přesně znám. V listinách je doložen špitál sv. Markéty z roku 1318, u kterého nepochybně stávala špitální kaple sv. Markéty. Na jejím místě byl později v letech 1580 - 1583 postaven strakonickými měšťany kostel, jehož stavbu vedl českobudějovický stavitel vlašského původu Vincenc Vogarelli. Kostel byl postaven ve stylu pozdní gotiky s četnými renesančními prvky. (Kostel býval vyzdoben renesančními sgrafity. Na kostelní věži bývala cibulovitá střecha s ochozem a světničkou pro ponocného. Nic z toho se, bohužel, dodnes nedochovalo). Kolem roku 1777 byl kostel barokně upraven a bylo vytvořeno barokní východní průčelí. Kříž před kostelem je datován do roku 1848.

Hodnotným prvkem ve městě Strakonice je sálový kostel sv. Markéty bez rozlišení pravoúhlého presbytáře s věží v západním průčelí, který se nachází na urbanisticky a historicky významném místě. Kostel vystavěný v letech 1580 – 1583 byl v druhé polovině 18. století barokně upraven do dnešní podoby. Kostel má cenné exteriéry, zejména východní průčelí s volutovým štítem a štukovou výzdobou a interiéry s hodnotnými historickými konstrukcemi, architektonickými detaily a stavebními prvky. Jedná se o zaklenutí sálového prostoru pěti hvězdicovitými klenbami se štukovými žebry, o křížové klenby v podvěží a podkruchtí, dále o podlahy, kamenné hrotité portály, výplně dveřních otvorů. V interiéru, v podkruchtí, byly odhaleny hodnotné gotické nástěnné malby s výjevy ze života Krista. Součástí památkové ochrany je litinový kříž z roku 1848, před východním průčelí kostela. Památková ochrana se vztahuje na kostel a kříž, který odpovídá pojetí kulturní památky podle § 2 zák. č. 20/1987 Sb., o státní památkové péči.