Farní kostel zasvěcený svatému Vojtěchu existoval ve Lštění již ve 14. století, kdy se o něm objevují první zmínky. Na místě původního gotického kostela byl zbudován v letech 1739 - 1741 nový barokní kostel. Autorem návrhu byl architekt Antonín Erhart Martinelli. Původní presbytář starého gotického kostela byl v barokní novostavbě zachován a slouží jako sakristie. Z původní stavby se ještě zachovala komora.

Na místě lodi starého kostela byl vystavěn nový presbytář, dále byly nově přistavěny loď a věž. Vznikl tak jednolodní chrám s okosenými nárožími, pravoúhlým presbytářem, se sakristií v ose a s věží v průčelí. Kamenické práce obstaral krumlovský místr Matěj Plánský. Hlavní oltář kostela se sochami svatého Vojtěcha, svatého Václava a svatého Jana Nepomuckého je dílem krumlovského sochaře Josefa Mucka a pochází z roku 1755. Stejný umělec vyhotovil i dva boční oltáře se sochami svatého Josefa, svatého Linharta, svatého biskupa, svaté Ludmily a svatého Václava. Křtitelnice je barokní, ale v sakristii se dochovala původní křtitelnice z druhé poloviny 13. století. V kostele se také nacházejí náhrobky z let 1521 a 1743. Varhany jsou barokní.

Místo je spojeno se silným svatovojtěšským kultem, který se začal prosazovat především v 18. století. Dodnes je místo známé nejen pod svým úředním jménem Lštění, ale i pod názvy "Vojtěch" nebo "Svatý Vojtěch". Sem se čtyřikrát ročně: na pondělí velikonoční, na svatého Vojtěcha (23. 4.), na pondělí svatodušní a na svátek Nanebevzetí Panny Marie (15. 8.), vydávaly zástupy poutníků. Původní fara v místě existovala již ve 14. století a je domněnka, že tato fara byla totožná s poustevnou v rohu hřbitovní zdi. Před třicetiletou válkou nebyla již fara obsazována, dlouho ji spravovali církevní administrátoři z Vimperka a v letech 1655 - 1666 spravoval kostel duchovní z Bohumilic. Církevní správce se na faru ve Lštění vrátil až v roce 1718 za výrazné přímluvy Marie Arnoštky kněžny z Eggenbergu.