První zmínka o kostele v Batňovicích je z roku 1367, původně byl jako většina kostelů v Čechách vybudován ze dřeva. V roce 1681 byl kostel částečně stržen a vystavěn nový, v roce 1735 byla přestavěna dřevěná věž na kostele a opravena střecha kostela. Kolem roku 1770 měl kostel v Zálesí (dnešní Batňovice) dřevěnou zvonici se 3 zvony a malou věž na kostelní střeše, presbytář byl klenutý a protože zde nebyla sakristie, kněz se na mši oblékal za hlavním oltářem, kazatelna byla na epištolní straně s vchodem přímo ze hřbitova.

V roce 1775 byly do kostela zakoupeny staré varhany z kostela v Úpici.