První zpráva o kostele nad brodem přes Jizeru pochází z roku 1357. Kostel však již tehdy stával na horeckém břehu Jizery a dá se předpokládat, že zprvu dřevěná stavba byla farním kostelem pro blízké okolí. Vyvýšené místo nad řekou skýtalo vhodnou polohu pro obě dominanty - tvrz a kostel, v jejichž blízkosti se postupně rozrůstala po obou stranách Jizery poddanská ves. Až do 18. století však o nich nemáme podrobné zprávy.

Současný kostel sv. Mikuláše v Horkách nad Jizerou je výsledkem velkolepého záměru podle něhož byla mezi lety 1723 - 1738 provedena na původním místě, s využitím některých zachovalých, starších částí staveb, prakticky nová stavba zámku a kostela. Stavbu v letech 1723 - 1725 prováděl mladoboleslavský stavitel italského původu Mikuláš Rossi. Ze zachovalé smlouvy se dozvídáme celkový náklad stavby (10 357 zl.) a jména dalších řemeslníků a umělců. Vedle tesařů z Benátek a Lysé a klempíře z Mladé Boleslavi se na umělecké výzdobě kostela podílel autor řady soch na pražském Karlově mostě Matyáš Braun. Kolem kostela se nachází starý hřbitov, na němž se pohřbívalo do roku 1874.