Kostel svaté Maří Magdalény v Brně byl původně židovskou synagogou. Za krátké vlády Ladislava Pohrobka bylo z několika moravských měst vykázáno židovské obyvatelstvo. V Brně byla židovská čtvrť včetně synagogy násilně obsazena. Synagoga pak byla přeměněna v kostel svaté Maří Magdalény.

V letech 1651 - 1654 byl kostel od základů přestavěn františkány od svatého Bernarda Sienského podle projektu stavitele Ondřeje Erny. Kostelní věž byla přistavěna až v roce 1746.

Dnešní podoba kostela pochází z roku 1852, když po velkém požáru byl kostel znovu obnoven. Průčelí kostela bylo zjednodušeno a i s věží dostalo novorenesanční nádech.