Kostel sv. Máří Magdalény byl založen Jindřichem z Hradce počátkem třináctého století. Byl jednou z nejstarších staveb toho druhu ve městě. Původně byl součástí špitálu, později byl objekt připojen k jezuitské koleji se seminářem. Ta byla vybudovaná z důvodu příchodu jezuitů do Jindřichova Hradce. Roku 1615 bohužel kostel zachvátil požár. Na jeho základech byla vybudována kaple v pozdně-renesančním slohu s překrásnou výzdobou. Po zrušení jezuitského řádu byla jezuitská kolej upravena na kasárna. Kolej je od roku 1927 sídlem jindřichohradeckého muzea. Kaple prošla rekonstrukcí v roce 1998 a od té doby je otevřena veřejnosti.