První zmínky o existenci kostelíka Božího těla a kostnice najdeme v městských sirotčích knihách, kde se uvádí, že „r. 1565 Pavel Havrda odkázal ke kostelu a na opravu kostnice 2 kopy grošů“. Koncem 17. století byl kostelík již velmi zchátralý a proto byl v letech 1705 – 1711 přestavěn v barokním slohu - nejspíše podle plánů italského stavitele Domenica de Angelo. Z původního kostelíka zůstalo pouze kamenné oštění, ozdobené znakem hradeckých pánů. Zajímavá je dotace stavby – největší příspěvek na stavbu (téměř 2/3) pocházel z „přívarku“ počáteckého pivovaru, tj. z prodeje navíc přivařeného piva. Interiér kostela na vlastní náklady zařídil počátecký rodák a smíchovský farář Vincenc Švehla. Do nového kostela bylo pořízeno 5 oltářů, které jsou dílem jednoho sochaře, pravděpodobně Františka Bauguta. V Počátkách působil a je mu připisováno i sousoší sv. Jana Nepomuckého na náměstí. Kostel byl vybaven novými varhany, které jsou z r. 1717 od Václava Pantočka z Dačic. Současně se stavbou kostela byly vysázeny lípy, z nichž však některé musely být už v r. 1792 poraženy, protože poškozovaly kostelní zdivo. Nyní jsou památné stromy v okolí chráněné.