Klášterní kostel náležící kdysi k dominikánskému konventu vznikl asi na přelomu třetí a čtvrté čtvrtiny 13. století, jeho stavebníkem byl pravděpodobně král. Místo pro kostel s klášterem bylo vybráno v těsném sousedství městské hradby, přibližně uprostřed jejího západního pásu. Na východě objekt sousedil s jihozápadním koutem dnešního Velkého náměstí. Naše vědomosti o podobě tohoto prvního kostela jsou jen neúplné. Byl orientovaný, tvořený protáhlým, pěti boky oktogonu zakončeným presbyteriem, ke kterému se na západě připojovala pravděpodobně trojlodní prostora o stejné délce jako presbyterium. Předpokládané trojlodí by mělo totožnou délku i šířku, což odpovídá našim znalostem o mendikantské architektuře. Presbyterium bylo sklenuto do tří obdélných polí a jednoho pole závěru křížovou klenbou se žebry. K jeho jižnímu boku přiléhala kaple Všech svatých, která byla asi přistavěna velmi záhy, pokud ovšem nebyla s presbyteriem přímo současná.K severnímu boku presbyteria byla před rokem 1357 přistavěna kaple Těla Kristova založená Markétou z Rožmberka. Obě kaple byly polygonálně zakončené, sklenuté křížovými klenbami se žebry.

Dne 20. srpna 1419 byl klášter přepaden husitskými radikály z řad městského obyvatelstva a následně vypálen a rozbořen. Tehdy zřejmě z podstatné části zaniklo trojlodí a poničeno bylo také presbyterium hlavní lodi. V následujících dvou stoletích tak byly z pobořeného kostela využívány pouze obě někdejší chórové kaple - kaple Všech svatých asi k bohoslužebným účelům, kaple Těla Kristova byla ve druhé polovině 16. století upravena na solnici.

Situace se začala měnit až s návratem dominikánů do Písku na konci dvacátých let 17. století. Převor Martin Valaský nechal nově zaklenout někdejší kapli Těla Kristova (solnici), aby mohla být užívána k bohoslužbám - jedná se o dnešní zúženou východní část kostela. Někdy před rokem 1667 byla tato rozměrově skromná svatyně rozšířena směrem na západ; z původní malé kaple se tak stalo vlastně presbyterium k němuž byla přistavěna loď, která sahala do míst kde se dnes připojují boční kaple (v úrovni kazatelny). Víme ovšem, že z důvodu nedostatku finančních prostředků postupovala stavba pomalu.

Ve druhé polovině osmdesátých let 17. století začala být stavěna věž přiléhající dnes k severovýchodnímu nároží kostela, která byla, s výjimkou nejvyššího patra, dokončena roku 1698. K dalšímu rozšíření velikostí již nevyhovujícího kostela došlo hned po roce 1716, kdy byl k západnímu průčelí lodi připojen transept o těch polích s křížením v šíři lodi a navazující nové presbyterium, čímž v zásadě získal nynější podobu. Zřejmě v téže době byla také do východní části kostela vestavěna kruchta. Poslední významnější úprava proběhla v roce 1824, kdy bylo přistavěno nejvyšší patro věže. Citelnou ztrátu utrpěl areál kostela v roce 1935, kdy byla zbořena gotická chórová kaple Všech svatých, která byla sice v 19. století přepatrována, ale jinak zůstala dobře zachovaná.