Původně gotický kostel z 1. poloviny 14. století (presbytář, sakristie), klenba dvoulodí 1. čtvrtina 16. století, kaple sv. Jana Nepomuckého 1729 - 33, krov z roku 1875, datování kříže 1876.

Kostel sv. Jana Křtitele tvoří dominantu návsi. Spolu se sousední farou tvořil kostel duchovní jádro obce. Je jedním z nejkrásnějších jihočeských gotických venkovských kostelů. Kostel v Záblatí je kvalitním příkladem nejstarších církevních staveb v regionu. Původně gotický kostel s pozdějšími úpravami si dodnes uchoval mnohé cenné původní stavební prvky, k památkově nejcennějším patří gotické žebrové klenby v dvoulodí, presbytáři a sakristii, kamenné portály, sedile, nástěnné malby v lodi a sakristii. V neposlední řadě jsou cenné další stavební konstrukce jako např. barokní kopule v kapli sv. Jana Nepomuckého, podklenutá hudební kruchta i další autentické konstrukce a materiály, zejména kamenné kružby oken a drobnější kamenné prvky jako sanktuáře, kropenky a almužní sloupky.