Kostel postaven pravděpodobně na konci 13. století. První známý kněz je zmíněn roku 1351. Patrony farnosti byli ve středověku páni z rodu erbu střely na hradu Smilenburku (ve Křemži?), kteří byli odnoží pánů ze Strakonic. Posledním majitelem Křemže z tohoto rodu byl Jan Smil z Křemže, jehož syny roku 1444 Oldřich z Rožmberka donutil, aby mu Křemži postoupili. Roku 1451 Rožmberkové prodali část Křemže i s podacím právem ke kostelu Přibíkovi a Benešovi z Chlumu. Od husitských válek byla fara utrakvistická, katolický farář znovu doložen od roku 1568, od roku 1596 s jezuitskou výpomocí.

Roku 1565 byla Křemže rozdělena na dvě části. Patronátní právo ke křemežskému kostelu patřilo k dílu, který připadl k nově vyčleněnému statku Chlumeček, jehož majiteli byli až do roku 1628 Častolarové z Dlouhé Vsi. Po nich následoval Jan Albrecht z Korosek, od roku 1665 Karel Maxmilián Kořenský z Terešova a od 1673 Jan Augustin Miličovský z Braunberku, od něhož v roce 1678 koupil Chlumeček zlatokorunský klášter. Ten získal i patronátní právo ke křemežskému kostelu, jež měl až do svého zrušení. Po něm se roku 1787 patrony kostela a fary stali Schwarzenberkové. Stavební vývoj kostela: Jednolodní kostel s gotickým presbytářem z roku 1470, nad nímž byla věž, ke kněžišti přiléhala sakristie snad ještě ze 14. století. Loď nechal v roce 1557 prodloužit Jan Častolar z Dlouhé Vsi. Jeho nástupce Alexandr Častolar pořídil v letech 1609 – 1614 pro kostel nové oltáře a táflovaný strop.

Nejpozději od 16. století stála východně od presbytáře dřevěná zvonice. Kostel byl v letech 1885 – 1887 přestavěn podle projektu schwarzenberské stavební kanceláře ve stylu románsko-gotického synkretismu (ponechán jen středověký presbytář a sakristie). Fara původně byla vysunuta více do náměstí. Roku 1840 vyhořela a byla znovu vystavěna v dnešní podobě. Ve 20. století ubourána severní ohradní zeď zahrady a u ní stojící objekt kvůli vedení nové silnice.