První zmínka o vsi pochází z roku 1364, kdy je uváděna pod názvem Wydrzie Medyocra. Jak naznačuje název, obec leží mezi Vydřím Kostelním a Zadním. Zajímavostí z historie je bezesporu fakt, že když vypukly po smrti Josefa II. selské bouře z důvodů návratu robotních povinností, bylo to právě Prostřední Vydří, kde se sedláci vzbouřili. Prostřední Vydří bylo čistě českou obcí, maximum obyvatel zde zaznamenáváme v roce 1900, kdy měla obec 159 obyvatel.
V roce 2006 mělo Prostřední Vydří 54 obyvatel.