Kostel sv. Josefa na Novém Městě byl postaven krátce po založení kapucinského kláštera v roce 1630 stavitelem Melicharem Mayerem v letech 1636 až 1653. Zařízení kostela je velmi prosté. Dva obrazy na bočních oltářích jsou od Karla Škréty. Kostel v klášteře byl v roce 1795 zrušen, v roce 1833 navrácen kapucínům. V předdvoří kostela je socha sv. Judy Tadeáše z roku 1741.