Želzniční stanicí Zátor prochází trať č.310 Olomouc - Bruntál - Krnov - Opava.
Stanice nezajišťuje odbavení cestujících, odbavení je prováděno ve vlaku.
Stanice není bezbariérově přístupná.
Stanice je zapojena do Integrovaného dopravního systému Moravskoslezského kraje.