Většího rozkvětu doznaly Malšice zvláště v době, kdy ujali se panství Rožmberského: Petr, Vedřich, Jan a Jošt. Tito založili ve vsi Malšicích roku 1373 na místě starého kostela (asi ohněm zničeného) nový kostel ke cti svaté Trojice a prodali zdejšímu faráři Václavovi šest jiter luk u vsi Vlastiboři, z nichž čtyři jitra měla patřiti ke
kostelu malšickému a dvě jitra ke „špitálu příběnickému“. Téhož roku prodali (zastavili) spolu s jinými nemovitostmi jeden lán v Malšicích klášteru sv. Kláry v Týnci. (Zástavu tu vyplatil syn Jindřich roku 1404.) Roku 1386 darovali Vedřich a jeho syn Jindřich
kostelu malšickému ves Potálov, aby mohl farář držeti kaplana a čísti mše jistého druhu. Také darovali (v náhradu za desátky z odprodaného dvora v Libějicích) faráři dva poplatní lány v Malšicích. Nadání
kostelu učiněná v minulých letech potvrzena roku 1386 Vedřichovi, který v tu dobu na Příběnicích pobýval.
Původně gotický kostel z druhé poloviny 14. století, z roku 1373, byl v letech 1743-1745 zbarokizován. Interiérové úpravy byly provedeny v rustikalizovaném beuronském stylu počátkem 20. století. V interiéru dochovány zděné a dřevěné konstrukce.
Kostel s areálem stojí na východní straně náměstí, jeho hmota a plocha hřbitova prakticky na této straně ukončuje historickou zástavbu v této části obce a urbanisticky ji uzavírá. Část parcel někdejšího farního dvora (není PO) byla patrně odkoupena a zastavěna zcela negativní architekturou nákupního střediska na konci 70. let 20. století.