Kostel sv. Františka z Assisi na Křižovnickém náměstí byl postaven Dominikem Canevallem v letech 1679 až 1689 podle plánu Jana Křtitele Matheye na místě původního kostela, který se nachází po tereních úpravách nábřeží v podzemí. Původní kostel z roku 1270 byl zasvěcen také Sv. Františkovi z Assisi. někdy je chybně uváděn jako kostel Sv. Ducha. Tomu ale byl zasvěcen křížovnický klášter. Jedná se o centrální stavbu s kopulí. Interiér má stěny členěny pilastry ze sliveneckého mramoru. Hlavní oltář je od Matěje Václava Jackla. Před kaplí cínová křtitelnice z roku 1483. Kazatelna je od Jana Antonína Quittainera.