Kostel postavený na místě původní kaple sv. Klimenta, která byla založená již v 9. století. Po roce 1362 byl Karlem IV.
kostel goticky přestavěn a v letech 1737-1739 byla provedena barokní přestavba podle plánů Kiliána Ignáce Dientzenhofera. Oltář zdobí obraz sv. Apolináře od J. Hellicha z r. 1848.