Nejstarší kostel ve Vacově byl zřejmě dřevěný. Kamenná stavba je doložena po roce 1588, kdy ves získali Kocové z Dobrše. Roku 1757 ji poškodil požár, oprava skončila až roku 1785. Roku 1886 byla jako nevyhovující zbořena, nahradil ji nový novogotický
kostel podle projektu architekta Jana Sedláčka, postavený v letech 1889–90.
Dle tehdejších poměrů měla nad kostelem patronát šlechta. V roce 1513 patřil Vacov rodu Přechů z Čestic. Koupí panství r. 1588 se stali patrony kostela Kocové z Dobrše a od roku 1708 kníže Schwarzergerg. V původním kostele byly tři oltáře: hlavní sv. Mikuláše, vedlejší napravo sv. Martina a nalevo sv. Vavřince, v jehož oktávě se vždy konala ve Vacově pouť. Při stavbě nového chrámu si knížecí rod přál, aby zde byl oltář jejich patrona sv. Jana Nepomuckého a oltář Bohorodičky. Osadníci svolili s podmínkou, že jim budou na náklady vrchnosti postaveny na hlavní oltář sochy sv. Vavřince a sv. Martina.
Svěcení provedl 10. 8. 1890 budějovický biskup M. J. Říha. Ze staršího kostela se dochovalo několik náhrobníků a dva zvony od Brikcího z Cimperka (1568 a 1588). Plebanie r. 1359, matriky od r. 1661.