Řeka Dyje vzniklá soutokem Moravské a Rakouské Dyje , částí svého toku vytváří hranici mezi Českou republikou a Rakouskem a osu Národních parků Podyjí a Thayatal .

Dyje , německy Thaya , je řeka v Rakousku ve spolkovém státě Dolní Rakousko . V České republice v Jihomoravském kraji . Délka toku činí 235,4 km, včetně Moravské Dyje 306 km. Plocha povodí měří 13 419 km& () 178;.

Moravská Dyje pramení nedaleko obce Panenská Rozsíčka cca 4 km jihovýchodně od Třešti na Jihlavsku v Českomoravské vysočině. Vlastní Dyje vzniká po soutoku s Rakouskou Dyjí pod městem Raabs an der Thaya v Rakousku. Údolí řeky Dyje má kaňonovitý charakter a pro jeho ochranu nejcennějších částí zachovaných mezi Vranovem nad Dyjí a Znojmem byl v roce 1991 vyhlášen Národní park Podyjí. Dyje zde vytváří unikátní říční fenomén s mnohými meandry, hluboce zaříznutými údolími bočních přítoků, nejrůznějších skalních útvarů a kamenných moří a vysokou pestrostí rostlinných a živočišných společenstev danou střídavou exposicí svahů od jižní až po severní, takže se zde nacházejí v těsné blízkosti jak lesostepní lokality pronikající z panonské oblasti, tak lokality dubohabrových lesů. Na vyhlášený Národní park Podyjí navázalo v roce 2000 vyhlášení Národního parku Thayatal na rakouské straně hranice. Území NP Thayatal navazuje bezprostředně na území NP Podyjí na české straně.

Po opuštění NP Podyjí obtéká Dyje velkým obloukem Mikulovskou vrchovinu s Pavlovskými a Dunajovickými vrchy a plní diskutabilní vodní přehrady Nové Mlýny pod kterými je její tok již téměř celý regulován, takže o původním charakteru řeky mohou nyní pod Novými Mlýny vypovídat pouze zbytky lužních lesů se zachovanými zbytky starých říčních ramen.

Povodí řeky bylo postiženo povodněmi v letech 1997, 2002 a naposledy v roce 2006. Na jaře 2006 došlo při povodních k přetečení a poškození všech přehrad na toku řeky. Povodeň nebyla schopna zadržet ani soustava nádrží Nové Mlýny a po jejím přetečení došlo k vážněmu poškození zámeckých zahrad v Lednici.

Dyje končí svůj tok soutokem s řekou Moravou pod Lanžhotem na česko-rakousko-slovenském trojmezí, asi 15 km pod Břeclaví .